Microsoft ha affermato pubblicamente che se la comunità Open Source riesce a produrre software di elevata qualità è perchè ha violato 235 brevetti appartenenti a Microsoft.
Secondo Microsoft 42 brevetti sarebbero violati dal Kernel di Linux, 65 dall'interfaccia grafica, 45 da OpenOffice, 15 da programmi di e-mail ed i restanti 68 da varie applicazioni Open Source
Nonostante queste pesanti accuse Microsoft si rifiuta di pubblicare l'elenco completo dei brevetti violati, i motivi non si conoscono ma circolano voci che indicano nella mancata pubblicazione dell'elenco la consapevolezza da parte di Microsoft che alcuni di questi brevetti non avranno validità in tribunale; probabilmente invece i brevetti di cui si discute non sono violati solo da Linux ma anche da altri sistemi operativi e quindi divulgarli comporterebbe una causa legale di dimensioni enormi.
Al momento Microsoft non ha intenzione di avviare alcuna causa, però ha espresso la volontà di chiedere delle royalties alla comunità Open Source ed agli utenti del Pinguino.
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